市政协办公室的主要职责是：负责市政协委员会全体会议、常委会议、主席会议、常委专题座谈会以及以市政协名义召开的其他会议和重大活动的计划、安排和组织协调工作；组织实施市政协委员会全体会议、常委会议、主席会议的决议、决定；同全国政协办公厅、省政协办公厅、烟台市政协办公室和市委、市人大、市政府办公室及有关部门的联系与协调，负责对各镇（街道、区）、市直政协议政组的联系与指导；市政协开展活动的后勤保障工作、机关行政接待事务、后勤服务和安全保卫工作；机关人事、劳资管理、离退休干部的管理和服务工作；完成市政协领导交办的其他工作。根据上述职责，市政协办公室设秘书科、行政科、老干部科3个股级机构。

　　  ⒈秘书科。负责研究、宣传统一战线和人民政协的理论政策，为市政协领导开展工作提供参考意见和资料，完成全国政协、省政协及烟台市政协交办的研究课题；起草市政协主要领导人讲话和有关政协工作的文件；起草有关调查、视察报告或建议案；协调和组织指导办公室所联系议政组和监督组的活动；对各议政组工作进行调查研究，及时反映基层政协工作的情况，总结推广经验；做好反映社情民意的工作；完成市政协领导交办的其他工作。

　　  ⒉行政科。负责政协有关会议的会务工作；承办党政机关和人民团体邀请市政协参加有关会议和活动的联系、组织工作；承办以市政协名义举办的重大政治、社会活动；负责机关人事、劳资、信访、计划生育工作；负责机关行政接待事务、后勤服务和安全保卫工作；负责机关文秘、档案管理、督办、机要保密等工作。

　　  ⒊老干部科。负责市政协机关离退休人员的管理和服务工作。